深圳公司章程与股东协议冲突时，应按哪份文件执行

直接回答：深圳公司章程与股东协议冲突时，没有一条规则能概括为“章程永远优先”或“后签协议优先”。章程依法约束公司、股东、董事、监事和高级管理人员，并作为公司机关运行的重要依据；股东协议主要按合同规则约束签约方。股东协议中的表决、分红或退出约定若未同步进入章程，可能产生股东间违约责任，却无法直接改变公司按有效章程作出的治理行为。

先分清两份文件约束谁

《中华人民共和国公司法》第五条规定章程对公司、股东及董监高具有约束力，第四十五、第四十六条规定设立有限责任公司应共同制定章程及其记载事项，全文见中国政府网。没有签署股东协议的公司或管理人员，不会仅因协议存在就当然受其全部条款约束。

冲突要按具体事项判断

表决权、议事程序、法定代表人产生办法等治理事项，应重点检查章程和公司法；股权转让价款、保密、创始人服务承诺等股东间事项，则更偏向合同关系。若协议要求股东投赞成票，但股东实际反对，公司决议是否有效与该股东是否违约，是两个问题。

设立前做一张条款对应表

1. 列出表决权、分红、任免和退出等核心事项。
2. 标注哪些条款必须由公司机关执行。
3. 将需要对公司生效的安排同步写入章程。
4. 统一定义、比例、期限和争议解决条款。
5. 约定后续修改时两份文件如何同步。

章程定制与设立申报需要统一时，可结合深圳公司注册服务说明整理最终版本。

违法条款不能靠双方同意生效

公司法第二十五条规定，股东会、董事会决议内容违反法律、行政法规的无效。章程或协议也不能排除股东法定责任、虚构出资或授权公司违法分配利润。发生冲突时，应先排除违法内容，再判断文件效力范围和违约后果。

常见问题

股东协议比章程晚签，就自动覆盖章程吗？

不会自动覆盖。协议可变更签约方之间的合同安排，但公司治理文件是否改变仍需依法修改章程。

股东协议需要提交登记机关吗？

通常设立登记提交的是公司章程等法定材料，股东协议是否提交不能决定其全部效力。

能否约定冲突时一律以股东协议为准？

该条款可表达签约方内部意愿，但不能替代法定治理程序，也不能对抗法律强制规定和善意第三人。

审慎提示：控制权、回购和强制退出条款影响较大，应结合最新司法规则对具体文本单独审查。