直接回答：深圳公司营业执照正本和副本具有同等法律效力，不存在“正本才有效、副本只是参考”的法律层级差异。实务中，正本通常固定展示或集中保管，副本更便于在确需纸质证照的办理场景中出示，但这种用途分工属于管理安排，不能据此认为副本可以不经授权外借、转让或交由他人长期持有。
同等效力来自行政法规明确规定
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》第二十二条规定，营业执照分为正本和副本，具有同等法律效力；电子营业执照与纸质营业执照也具有同等法律效力。判断公司主体身份时，应结合统一社会信用代码、登记状态和当前记载事项，而不是仅凭“正本”或“副本”字样。
同等效力不代表不同机构必须接受任何形式的证照材料。办理具体事项时，对方可能要求原件核验、复印件盖章、电子执照验证或授权经办人，这属于具体业务的材料和身份核验要求。
正副本可以按使用频率分工
正本适合放置在住所或主要经营场所醒目位置。《条例》第三十六条要求市场主体将营业执照置于住所或主要经营场所醒目位置。副本可以在经授权的开户、签约、平台认证或其他业务中携带和核验。企业应保存使用目的、经办人、借出和归还时间。
对外提交复印件时，可按业务需要标注用途、日期并履行盖章审批，减少文件被挪作他用的空间。涉及电子办理时，优先使用可验证的电子营业执照，不要反复传播清晰扫描件。
建立正副本管理步骤
- 登记每份正本、副本的编号、保管人和存放位置。
- 明确正本展示位置和取下、移动的审批条件。
- 副本外借前记录事项、接收机构、经办人和归还期限。
- 复印或扫描时控制用途、水印、盖章和发送对象。
- 登记事项变更后及时换发并清点旧证。
- 发现遗失、毁坏时按规定声明作废并申请补领。
深圳公司设立后需要建立证照台账的，可结合深圳公司注册服务说明整理领取、展示和授权环节。
变更后旧证不能因“曾经有效”继续使用
《市场主体登记管理条例》第二十八条规定，变更涉及营业执照记载事项的，登记机关应及时换发营业执照。名称、住所或法定代表人等记载事项变化后，应按要求缴回或停止使用旧证，更新内部扫描件、平台资料和对外模板。正副本同等效力，也意味着二者都应同步纳入换发和失效控制。
常见问题
投标只能使用营业执照副本吗？
应以招标文件的合法、具体要求为准。法律效力相同不等于可以忽略对方的原件核验、盖章或电子验证要求。
副本可以长期交给代理人保管吗？
应有明确授权、用途、期限和交接记录。营业执照不得出租、出借或转让，不能用“代办方便”掩盖失控。
电子营业执照还区分正本和副本吗？
电子执照按统一系统生成和验证，使用规则见《电子营业执照管理办法（试行）》，不应套用纸质证照的保管方式。
审慎提示
具体机构可依法设置材料核验要求。企业应区分证照法律效力和办理材料形式，既不因拿着正本忽略授权，也不因使用副本降低管理标准。
资料参考
政策和办理口径可能调整，提交前请以主管部门最新公开要求为准。