直接回答：深圳公司应建立自己的会计档案管理安排，明确凭证、账簿、财务报告、银行对账单和申报表等资料由谁收集、存放、查阅及移交。委托代理记账时，《会计档案管理办法》第二十六条要求在书面委托合同中明确档案管理要求和相应责任；把纸箱或网盘交给代理机构，不等于公司不必掌握档案清册和取回路径。本文说的是公司持续经营中的年度归档及服务交接，注销后档案如何处置另有专门问题。
先分清每月单据和应归档的资料
《会计档案管理办法》第六条列明原始凭证、记账凭证、总账、明细账、日记账、财务会计报告，以及银行存款余额调节表、银行对账单、纳税申报表和各类档案清册。发给记账人员的票据图片只是资料流转的一环，不能代替一套可定位的档案。公司可按年度、月份、业务编号列目录，记录纸质原件位置、电子原件路径、账簿版本与申报回执；目录的命名方式属于内部管理选择，并无法规统一文件名。
《会计法》第二十三条要求对会计凭证、账簿、财务会计报告等建立档案并妥善保管。财务人员离职、代理机构换人时，尤其要核对已经入账但仍由业务部门持有的合同、验收单，以及尚未入账的发票，不要把“本月资料已发群里”当作交接完成。
年度归档与代理机构交接是两件事
办法第十条规定会计管理机构定期整理立卷并编制保管清册；第十一条规定当年形成的档案在年度终了后可临时保管一年，再移交单位档案管理机构，确需推迟须经同意，临时保管最长不超过三年，出纳不得兼管会计档案。小公司没有独立档案部门，也要参照办法安排负责人和实际保管位置，不能理解成凭证满三年才需要整理。
年度内部移交按第十二条编制移交清册，纸质档案保持原卷封装；电子档案连同元数据移交，特殊格式还要考虑读取平台。与外部机构终止合作时，先按合同核对资料范围、未完成月份、账套导出格式及可读取性。单位之间交接档案，第二十四条还要求按清册逐项交接、经办人和监督人签名或盖章；不能只收到一个无法打开的压缩包就签收全部档案。
电子文件要能打开、检索和防改
电子档案并非把纸票扫描后随意存云盘。办法第八、九条对仅以电子形式归档设置了来源、审签、格式、系统管理、防篡改和备份等条件；接收外部电子资料还涉及合规电子签名条件。电子发票打印件归档时，财政部、国家档案局财会〔2020〕6号通知要求同时保存对应电子凭证。交接应抽查月份、票号与记账凭证能否相互定位，并测试原文件是否能读取，而非只检查文件总数。
签收前逐项核对
- 列出交接截止日期、已记账月份及尚未完成的申报和调整事项。
- 按清册盘点纸质凭证册数、账簿、报表、银行资料和纳税申报资料。
- 导出电子原件、账套及元数据，抽样验证权限、格式和文件可读性。
- 标记借出、缺件与待补资料，约定责任人和补交方式，不把缺件写成已交齐。
- 由交接相关人员确认清册，并在合同中写明留存、备份和终止服务后的取回方式。
正在安排月度记账资料的公司，可结合深圳代理记账服务说明把原件归属与交付形式写进委托约定，减少日后查账时互相寻找文件。
常见问题
代理机构保管凭证，公司可以不留清册吗？
不宜。书面委托合同须明确档案责任，公司至少应掌握档案范围、存放位置和取得方式，以便核对与交接。
年度结束后必须马上把档案交出去吗？
办法允许会计管理机构临时保管一年，确需推迟移交要经档案管理机构同意，最长不超过三年；整理立卷和保管清册仍须按规定办理。
电子账套导出一个备份文件就够吗？
要检查能否读取、是否包含对应电子档案与元数据，以及特殊格式是否需要读取平台；不能只凭文件存在认定交接完整。
资料参考
政策和办理口径可能调整，提交前请以主管部门最新公开要求为准。