直接回答：深圳小企业收到电子发票，应保存来源合法真实的电子原文件，将其与业务订单、报销审批、记账凭证关联，并建立查验、去重、权限和备份机制。只把发票打印后扔掉电子文件不符合财政部、国家档案局财会〔2020〕6号通知；把发票图片留在员工聊天记录里，也难以形成可检索、可交接的会计档案。选择完全电子化归档，还须同时满足通知规定的系统接收、元数据输出、安全存储、审签和防重复入账等条件。
电子原件和打印件承担不同作用
财政部、国家档案局《关于规范电子会计凭证报销入账归档的通知》第一项将电子发票列入外部接收的电子会计凭证，第二项确认来源合法、真实的电子会计凭证与纸质凭证具有同等法律效力。第四项明确，以电子会计凭证纸质打印件作为报销入账归档依据时，必须同时保存打印该纸质件的电子会计凭证。打印件便于线下签批，却不是删除原电子凭证的理由。
对于数电发票，国家税务总局2024年第11号公告规定可以通过税务数字账户查询、下载、打印和导出已开具或接收的数电发票，并可通过电子发票服务平台或全国增值税发票查验平台免费查验。企业收到邮件附件时，仍应核对发票信息与实际交易；员工转发的截图不应取代平台可查验的原始电子文件。
完全电子化要看四组条件是否齐备
财会〔2020〕6号通知第三项不是简单宣布“电子发票都可无纸化”。首先，接收的电子凭证须查验合法、真实；其次，传输和存储应安全可靠，篡改能够及时发现；再次，会计系统要准确、完整、有效接收读取凭证及元数据，按统一会计制度核算，能以规定格式输出电子凭证及元数据，设置必要审签流程并有效防止重复入账；最后，归档管理应符合《会计档案管理办法》等要求。达不到这些条件，不能仅因云盘里有PDF就称已符合纯电子归档条件。
《中华人民共和国会计法》第二十三条要求对会计凭证、账簿等建立档案并妥善保管；第十七条要求定期核对账簿与款项和资料。对小企业而言，按月份、业务编号、发票号码建立目录，保留授权人员和修改记录，通常比把文件散落在个人网盘更便于后续核查，但具体系统选型属于管理实践，并非法规指定的软件清单。
从收票到归档可设一条固定路径
- 从销售方交付渠道或税务数字账户接收原电子文件，记下接收人和时间。
- 核对购买方、销售方、项目、金额和公司实际业务，必要时在官方平台查验。
- 按发票号码及业务编号检查是否已有报销、抵扣、入账记录。
- 把合同、订单、交付、付款、报销审批和记账凭证关联到同一业务条目。
- 设置分级访问和备份，定期测试文件是否可读取，交接时连同目录和权限一并移交。
如将月度凭证交给外部会计人员，可参考深圳代理记账服务说明约定交接范围：电子原件、对应业务资料、已经报销或抵扣的状态，均应明示。只发一批无编号的图片，会增加错配和重复入账风险。
红冲和重开票也要留下完整链条
数电发票开票有误、销售退回等情形，税务总局公告第八项要求按不同确认状态开具红字数电发票。归档时原蓝字票、红字票、《红字发票信息确认单》和正确重开票应能互相检索；新发票不能无痕覆盖旧文件。受票方已抵扣的，还需依公告处理相应进项税额。保留链条同时帮助财务解释同一业务为何出现多张发票。
常见问题
电子发票打印盖章后能删掉原文件吗？
不能。以打印件报销入账归档时，通知仍要求同时保存对应电子会计凭证。
只用电子文件归档，是否所有公司都能做？
并非自动适用。须同时满足真实性查验、可靠存储、系统及元数据能力、审签防重和档案管理条件，并留意法律、行政法规的特别规定。
聊天群里的发票截图可以算电子原件吗？
截图不足以证明取得并保存了来源合法真实、可查验的原电子凭证。应回到交付渠道或税务数字账户获取并核对原文件。
外包记账后，电子发票只留在代理机构可以吗？
企业仍须保证自己的会计资料可获取、可交接、可追溯。具体保管分工应写清原件、备份、访问权限和终止服务时的移交方式。
资料参考
政策和办理口径可能调整，提交前请以主管部门最新公开要求为准。